Η αίτηση για πιστοποίηση αναπηρίας στο ΚΕ.Π.Α υποβάλλεται αποκλειστικώς ηλεκτρονικά μέσω του πληροφοριακού συστήματος «Εθνική Πύλη Αναπηρίας» και ειδικότερα μέσω του Συστήματος Πιστοποίησης Αναπηρίας και του Υποσυστήματος Ηλεκτρονικής Αίτησης.
Εν συνεχεία ο γιατρός που θα συντάξει τον κεντρικό εισηγητικό φάκελο μπορεί να ανοίξει φάκελο με το ΑΜΚΑ του ασθενούς. Αν υπάρχουν και συνυπάρχουσες παθήσεις, ο ασθενής απευθύνεται σε γιατρό της ανάλογης ειδικότητας με την συνυπάρχουσα πάθηση. Αυτός με τη σειρά του, θα μπορεί να ανοίξει φάκελο συνυπάρχουσας πάθησης, μόνο εφόσον έχει ήδη ανοιχτεί φάκελος της βασικής πάθησης από τον γιατρό που συντάσσει τον κεντρικό εισηγητικό φάκελο. Όταν ο γιατρός της συνυπάρχουσας πάθησης, κλείνει τον δικό του φάκελο, τότε ο γιατρός που συντάσσει τον κεντρικό εισηγητικό φάκελο, οριστικοποιεί τον δικό του φάκελο, περιλαμβάνοντας τους φακέλους των συνυπαρχουσών παθήσεων, που έχουν ολοκληρώσει οι αντίστοιχες ειδικότητες, και ο φάκελος κλείνει και αποστέλλεται ηλεκτρονικά στα ΚΕΠΑ για την ολοκλήρωση της διαδικασίας έκδοσης αναπηρικής σύνταξης ή επιδόματος.
